从中国人民银行副行长一职退休后，吴晓灵依然在金融界发挥着巨大的影响力。作为全国人大财经委副主任，她正不遗余力地推动中国金融体制改革向前迈进。她呼吁给银行自主权，取消75%存贷比限制；关注小额信贷发展，切实防范金融风险；并建议向现有的支付宝等互联网企业发放银行牌照，鼓励民营资本创办民营银行，细分客户市场，办成互联网时代的特色银行。曾共事多年的周小川对吴晓灵高度评价：“理论基础扎实，熟悉宏观经济管理和金融业务工作，熟悉我国金融业改革的发展状况，并善于理论联系实际，能够创造性地提出我国金融业发展的思路与设想。”